如何将PubMed导出BibTex并导入Bibliometrix

上期介绍了怎么用bibliometrix，但是我发现导师要求找的数据库是PubMed而新版的PubMed没有导出BibTex的功能，这可怎么办呢，我又求助万能的谷歌，鼓捣了半天，找到了两种方法～

方法一：通过 Endnote 转换
方法二：通过 python 转换

这两种方法整体而言没有什么差别，只是看哪个用着更顺手而已，从bib文件就可以看出，由于PubMed本身的局限性，无论是哪种方法都没有办法做到Web of Science那种程度的信息量，WoS里面不仅会有每篇文章的基本信息，还会包括每篇参考文献、作者机构、国家等等，实际上只有这种等级的信息量才能够最大限度利用bibliometrix，因此还是推荐WoS进行分析。但既然都找到方法了，那就继续写完好啦，毕竟不然不就白瞎了嘛～

通过Endnote转换

前提：

安装最新版正版Endnote并新建一个Library

方法：

从PubMed找到所需文献
Send to - Citation Manager - All Results - Create Files
点击下载完毕的文档，用相应的Library打开
成功加进Endnote后导出

File - Export - TXT - BibTex

如果这里没有BibTex的选项，则需要手动添加——
1. Tools - Output Styles - open style manager
2. 找到 BibTex 并勾选
3. 如果没有 BibTex 的选项，则点击 Get more on Web 并在弹出的网页搜索 BibTex
4. 点击 Download 下载并将下载好的文件放到 Endnote - Styles 文件夹里就有啦

通过 python 转换

前提：

已有Python3和相应编程软件如Visual Code Studio

方法：

从PubMed下载所需文献的PMID导出
打开 terminal 用 pip 下载 pubmed_bibtex 这个库可以将PMID转换为对应的BibTex信息
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python3 -m pip install pubmed-bibtex

新建python文件，读取下载的文档、转换并写入 bibtex

from pubmed_bibtex import bibtex_entry_from_pmid

# 打开文件
inputFile = open("pmid-physicalac-set.txt", "r") #只有将下载的PMID文档放入python文件同一个文件夹才可以用相对路径 否则用绝对路径
outputFile = open("output.txt", "w")            #新建输出文档
 
for line in inputFile.readlines():                          #依次读取每行  
    line = line.strip()                             #去掉每行头尾空白  
    print ("读取的数据为: %s" % (line))							
    bibMes = bibtex_entry_from_pmid(int(line))
    print(bibMes)
    outputFile.write(bibMes)                       #写入输出文档

# 关闭文件
inputFile.close()
outputFile.close()

这个时候python文件所在文件夹里就应该有一个名为 output.txt 的文档，里面就是相对应的信息啦，把后缀改为.bib就可以放入 biblioshiny里啦。

P.S. 只是因为这个库依托的是TexMed，所以转换速度会慢一些，如果量大的话可能得等一阵。